L'església actual de Santa Maria de Gerri correspon en la seva forma essencial a l'edifici consagrat el 25 de setembre de 1149.

El monestir de Santa Maria de Gerri, té origen en una església que probablement fou fundada en els temps dels visigots i, posteriorment derruïda pels sarraïns.

En aquesta església, originàriament dedicada a Sant Vicenç i posteriorment a Santa Maria, el prevere Espanell va reunir-hi cinc companys per tal de viure-hi monàsticament i els feu donació dels béns que posseïa a Seguís i Cartanís, a més d'una colla de llibres i ornaments que no especificava. Automàticament Espanell en devia quedar constituït abat.

Tampoc no hi ha dades de l'església construïda al segle XI, que es coneix per un document del 20 de maig de 1089, on es dóna a conèixer el nom d'un dels seus artífexs: mestre Ramon, possiblement el mestre d'obres, o almenys un personatge important en l'obra. A aquest nom s'hauria d'afegir els de Fedanci de Sant Cugat i el de Ramon Llombard.

Segons la carta fundacional de 20 de juny de l'any 807, es tracta d'una típica fundació de caràcter particular; tot i que no queda gaire clar, sembla que la regla adoptada fou la de Sant Fruitós que té com a fonament el pacte entre l'abat i els monjos. No obstant això, l'any 839 el monestir adoptà la regla benedictina que mantindria fins als darrers dies. El monestir de Gerri nasqué sota la jurisdicció del bisbe de la Seu d'Urgell i sembla que contribuí molt eficaçment a la funció evangelitzadora i reorganitzadora del territori del Pallars un cop aquest va ser alliberat del domini àrab pels marquesos de Tolosa.

Si l'interior de l'església de Gerri conserva gairebé intactes les seves característiques constructives originals, l'exterior ha estat tan profundament modificat que, llevat del campanar i la façana oest, pràcticament és irreconeixible el volum de l'edifici alt-medieval. Pel cantó de llevant, els cossos absidals han quedat incorporats al cos barroc dels edificis de la sagristia i el cambril, que deixen visibles només l'absidiola nord i part de l'absis central, on es desenvolupa una ornamentació sota el ràfec formada per un fris en dent de serra, i un fris d'arcuacions que arrenquen d'impostes esculpides, dividides en sèries de tres, per semicolumnes amb capitells.

L'element, però, que més contribueix a amagar l'estructura original de l'església i alhora li dóna un aspecte molt característic és el sobrealçament de les seves cobertes, resolt a base d'una galeria d'arcs que creen unes golfes ventilades per sobre de les cobertes originals, més alta la de la nau central que els laterals.

Les finestres, una d'una sola esqueixada a les absidioles, tres a l'absis central, i tres a cada lateral, són molt alterades en el seu conjunt. En la façana sud hi ha la porta, molt alterada que comunica amb el cementiri, i simètrica a ella, en la façana nord hi ha la porta que comunicava amb el desaparegut claustre i les dependències monacals.

Les façanes, pel que es conserva, eren nues d'ornamentació, llevat d'una senzilla motllura bisellada al ràfec, i presenten una articulació plàstica formada per sengles contraforts rectangulars que es corresponen amb la situació dels arcs anteriors. Resulta molt singular aquest ús dels contraforts en l'estructura i la composició de l'església de Gerri, car és un element emprat en molt poques ocasions en els edificis alt-medievals catalans.

L'església te un alterós campanar d'espadanya de tres pisos, amb dues obertures en l'inferior, i única, més petita, en el superior, totes formades per arcs amb motllures trilobades.

L'aparell, molt uniforme en tot l'edifici, és de carreus irregulars, ben tallats i polits, disposats molt uniformement en els murs, i lloses irregulars col·locades a plec de llibre a les voltes, seguint fórmules característiques de l'arquitectura catalana del segle XII.